L’antico nome della città, ovvero “Pietraperciata” (che significa pietra forata) era stato dato per via della presenza del foro in una grande rupe, visibile dalla città. La data di costruzione della città è incerta, le teorie più accreditate danno nell’VIII secolo a.C. la sua fondazione ad opera dei Pelasgi, mentre stavano attraversando l’Italia meridionale. I Pelasgi costruirono le loro dimore nella parte bassa del paese, al fine di proteggersi da eventuali attacchi nemici e innalzarono fortificazioni sulle rocce.
Ai Pelasgi si sostituirono i Greci, giunti dalla costa ionica, i quali si spinsero verso l’interno portando le loro merci e i loro manufatti. Tracce della presenza ellenica sono testimoniate dalla forma ad anfiteatro di Pietrapertosa e nel nome di alcune località come “La costa di Diana”. Successivamente nel territorio si stanziarono i Romani, che resero Pietrapertosa il loro Oppidum costruendovi una fortezza, ove attualmente si erge la chiesa di San Francesco.
Durante le invasioni barbariche fu occupata dai Goti e poi dai Longobardi, che inclusero Pietrapertosa nel gastaldato di Acerenza. Passò in seguito sotto la dominazione bizantina da parte del signore saraceno Bomar. Fu proprio sotto la dominanza dei Saraceni che Pietrapertosa vide la costruzione delle sue parti più caratteristiche. La discesa Normanna-Sveva, vide il paese diventare uno dei più importanti centri strategici della Lucania data la sua posizione dominante della collina sottostante, partecipò alla rivolta ghibellina contro il Papa nel 1268.
In epoca angioina divenne feudo di Guglielmo Tournespè nel 1269, per poi passare sotto altri feudatari come Pietro de Burbura (1278) e Giovanni Borbone (1280). Con l’arrivo degli aragonesi, Pietrapertosa divenne possedimento dei Gozzuti, dei Grappini e dei Diazcarlon, conti di Alife. Nel XVI secolo, passò ai Carafa, agli Aprano, ai Campolongo, ai De Leonardis, ai Suardi, ai Iubero ed infine ai Sifola di Trani.
Nel giugno del 1647 il popolo pietrapertosano partecipò alla rivolta contro le gabelle imposte dai signori del luogo, rivolta che fu però duramente repressa: alcuni dei rivoltosi, per sfuggire alle pene, soprattutto tra i più poveri, furono costretti ad allontanarsi dal proprio paese, venendo dichiarati banditi in caso di fuga senza previo pagamento dei tributi dovuti. I fuggitivi furono così forzati a darsi alla macchia, vivendo di saccheggi e ruberie. Anche molti monaci di campagna, che collaboravano con i banditi, dovettero abbandonare il paese. Tra questi banditi è da menzionare Scalandrone, un contadino di Pietrapertosa, che operava nella valle del Basento.
